SERVICIOS
Contamos con dos áreas principales:
La primera enfocada en I+D y la segunda en Ánalisis para clínicas especializadas en el estudio microbiota intestinal.
INVESTIGACIÓN
+DESARROLLO
¿Qué nos pueden enseñar las comunidades microbianas?
Los trillones de microorganismos que habitan la biósfera terrestre interaccionan entre sí y también con el medio en el que se encuentran. Estas interacciones tienen un profundo impacto en ellos y en el medio.
Por medio de tecnologías de secuenciación metagenómica, podemos investigar cuáles son los microorganismos más abundantes en distintas condiciones. Esto nos puede enseñar cómo mejorar procesos industriales, en la identificación de microorganismos de utilidad agroindustrial, o en la salud al determinar cuáles grupos microbianos son más abundantes en determinadas condiciones fisiológicas en personas o animales.
En GeneBiome EAS somos expertos en la caracterización de microbiomas de distintos medios. Actualmente, trabajamos estrechamente con nuestros colaboradores en University of North Carolina at Chapel Hill, en los Estados Unidos.
Para la manipulación de estas comunidades, podemos trabajar directamente en cambiar los miembros de las comunicades microbianas, o en la identificación de moléculas pequeñas que inhiban específicamente una ruta metabólica de interés. Para las librerías químicas, trabajamos con colaboradores en el instituto ICCB de Harvard Medical School.
Tecnologías de Secuenciación
Dependiendo del nivel de precisión y el tipo de datos que el cliente necesita obtener, podemos optar por 16S rRNA seq o Shotgun metagenómica. El primero responde la pregunta de “¿quiénes?”, y el segundo “¿quiénes y qué hacen?”.
Somos expertos en fisiología microbiana y fermentación, con entrenamiento en Research Triangle Park (RTP) de North Carolina, EE.UU. Podemos ayudar a su organización a desarrollar o mejorar un proceso fermentativo, para generar biomasa o productos.
Potenciales bioprocesos incluyen biomasa de levaduras, bacterias y hongos. Productos como ácidos orgánicos, solventes. Expresión heteróloga de enzimas.
Cribados de Alto Rendimiento – High-throughput screening (HTS)
La identificación de moléculas pequeñas bioactivas tiene un gran potencial como herramientas de investigación o para el desarrollo de nuevos medicamentos. GeneBiome cuenta con expertos en el área de HTS, para proyectos in silico o in vitro. Contamos con acceso y experiencia de trabajo con las librerías químicas del instituto ICCB de la Universidad de Harvard.
ANÁLISIS
Este servicio está dirigido a clínicas y profesionales del área que deseen estudiar el microbioma intestinal de sus pacientes, con el fin de potencialmente mejorar sus tratamientos. Nuestro servicio se enfoca en usuarios finales puntuales, brindando una solución integral para el análisis del microbioma intestinal.
El microbioma intestinal constituye el conjunto de los billones de microorganismos, principalmente bacterias, que se relacionan en una simbiosis con las células de nuestro intestino.
Esta compleja interrelación cumple importantes funciones fisiológicas, colaborando con el sistema inmunológico y apoyando al correcto funcionamiento del metabolismo. Por ejemplo, realizan síntesis de vitaminas, eliminación de sustancias potencialmente dañinas y evitan la invasión de microorganismos patógenos.
Las técnicas de biología molecular de última generación, basados en secuenciación masiva de DNA, nos permiten analizar y estudiar el microbioma intestinal, o de cualquier otra área del cuerpo. En base a estos datos, mediante técnicas bioinformáticas de GeneBiome, podemos determinar la estructura, composición y los potenciales procesos metabólicos que realizan estos microorganismos, en base a los últimos datos en la literatura científica.
Mediante el gen de referencia 16S rRNA, realizamos los diversos estudios moleculares y bioinformáticos para determinar la composición de las comunidades microbianas que habitan en el intestino. Valiéndonos de la Metagenómica y la Metataxonomía, obtenemos información sobre las funciones, taxonomía e identificación de estos microorganismos, entre los estratos de phylum, género y en algunos casos llegando al nivel de especie. Como referencia, la diversidad alfa analiza la riqueza y el número de especies presentes, mientas que los índices disbióticos, por ejemplo, la relación Firmicutas/Bacteroidetes, determinan que tan normal es el microbiota de las muestras. Por tanto, los análisis de biodiversidad y los índices de disbiosis que obtenemos mediante este estudio nos indican el estado de salud del microbiota y de la persona. Cabe recalcar que este estudio no es diagnóstico.
Diversos estudios han demostrado una correlación y causación entre la presencia y abundancia de los microorganismos que habitan el intestino y el estado fisiológico de las personas. Existen evidencias de que ciertas enfermedades autoinmunes, la diabetes T2D, las alergias, ciertas dolencias gastrointestinales, la artritis e inclusive el cáncer están directamente relacionados por el microbioma intestinal.
Es por ello que conocer cuáles son los microorganismos que componen nuestro microbioma intestinal puede presentarse como un gran aliado al momento de incorporar tratamientos complementarios para estas enfermedades, incluido cambios en la dieta, hábitos, o el consumo de suplementos basados en pre y probióticos. Estos últimos se refieren a microorganismos que, al ser consumidos, llegan vivos al intestino y tienen efectos positivos en la salud.
Para el análisis de microbioma, disponemos de dos niveles de reportes:
Básico
- Abundancia relativa de todos los Filos detectados
- Resúmenes de los 10 Géneros más abundantes
- Resúmenes de los índices de riqueza y diversidad
- Se mencionan los valores de los índices disbióticos, incluido Firmicutas/Bacteroides, Actinobacteria/Proteobacteria, Prevotella/Bacteroides, y Bifidobacterium/Collinsella.
- Datos de encuestas de hábitos e historial clínico (opcional).
Pro
- Todos los datos proveídos con el informe Básico
- Resumen y explicación detallada de los 3 Géneros más abundante de cada Filo
- Se mencionan las relaciones encontradas entre los microorganismos y la Salud
- Se mencionan los Géneros más abundantes hasta un 99%.
Se mencionan conclusiones
Abundancia relativa a nivel Dominio
- Se calcula y reporta la abundancia relativa de los Dominios encontrados en las muestras
- Se explica el significado fisiológico de las abundancias encontradas
- Se menciona la abundancia encontrada en relación con otras muestras y si está asociado a estados de salud o enfermedad
- La explicación se basa en datos científicos encontrados en la literatura
Abundancia relativa a nivel Filo y los 3 géneros más abundantes del Filo
- Se calcula y reporta la abundancia relativa de los niveles mencionados arriba.
- Se explica el potencial significado fisiológico en las personas de los microorganismos encontrados.
- Se menciona la abundancia encontrada en relación con otras muestras locales
- La explicación se basa en datos científicos encontrados en la literatura
Índices disbióticos
Proporción de Firmicutas / Bacteroidetes
- Se calcula el índice de proporción de distintos filos de acuerdo con sus abundancias relativas.
- Se reportan los demás índices y los valores de referencia.
Resumen de los Géneros más abundantes.
- Se calcula y reporta la abundancia relativa de los 10 géneros más abundantes.
- Se menciona a qué Filo y Dominio corresponden (F:D)
- La descripción de estos géneros está disponible en la sección anterior, si son parte de los 3 géneros más abundantes de su correspondiente Filo
- Se calcula el índice de proporción de distintos filos de acuerdo con sus abundancias relativas.
- Se reportan los demás índices y los valores de referencia.
Resumen de los Géneros más abundantes.
- Se calcula y reporta la abundancia relativa de los 10 géneros más abundantes.
- Se menciona a qué Filo y Dominio corresponden (F:D)
- La descripción de estos géneros está disponible en la sección anterior, si son parte de los 3 géneros más abundantes de su correspondiente Filo
Gráfico y tabla de abundancia relativa a nivel Filo
- Se calcula y reporta la abundancia relativa de todos los Filos presentes
- El gráfico puede ser en barras u otro estilo
Datos de la riqueza del microbioma
- Se calculan los índices de diversidad alfa, Shannon y Faith PD, es decir, qué tan diversa en la muestra de acuerdo con el número de microorganismos presentes.
- Se reporta la diversidad gama, es decir, el número de microorganismos identificados.
- Mayor diversidad está asociada a un buen microbiota.
- Los gráficos representan los datos del proyecto Microbioma Intestinal de paraguayos, a manera de referencia
Conclusiones y Referencias
- Se mencionan conclusiones generales sobre la estructura y diversidad del microbioma de la muestra
- Si es posible, se relaciona los datos del microbioma con los hábitos e historial clínico
- Se nombran todas las referencias citadas
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